Στρατηγικός στόχος της Γενικής Διεύθυνσης Ελέγχων Συγχρηματοδοτούμενων Προγραμμάτων είναι η παροχή επαρκούς διαβεβαίωσης για τη διασφάλιση της ορθής δημοσιονομικής διαχείρισης των εθνικών και ενωσιακών πόρων μέσω της διενέργειας αποτελεσματικών ελέγχων των συγχρηματοδοτούμενων προγραμμάτων.

Η Γενική Διεύθυνση Ελέγχων Συγχρηματοδοτούμενων Προγραμμάτων διαρθρώνεται σε τρία (3) Αυτοτελή Τμήματα και τέσσερις (4) Διευθύνσεις, ως εξής:

• Αυτοτελές Τμήμα Διοικητικής Υποστήριξης
• Αυτοτελές Τμήμα Νομικής Υποστήριξης
• Αυτοτελές Τμήμα Έκτακτων Ελέγχων Συγχρηματοδοτούμενων Προγραμμάτων 
• Διεύθυνση Σχεδιασμού & Αξιολόγησης Ελέγχων
• Διεύθυνση Α΄ Ελέγχου Διαχείρισης Συγχρηματοδοτούμενων Προγραμμάτων 
• Διεύθυνση Β΄ Ελέγχου Διαχείρισης Συγχρηματοδοτούμενων Προγραμμάτων
• Διεύθυνση Γ΄ Πιστοποίησης δαπανών Ευρωπαϊκού Γεωργικού Ταμείου Εγγυήσεων (Ε.Γ.Τ.Ε.) και Ευρωπαϊκού Γεωργικού Ταμείου Αγροτικής Ανάπτυξης (Ε.Γ.Τ.Α.Α.).