Οι αρμοδιότητες του τμήματος είναι : 

• Η εποπτεία της διοίκησης και διαχείρισης όλων των ιδρυμάτων και κεφαλαίων αυτοτελούς διαχείρισης που σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις υπάγονται στην αρμοδιότητα του Υπουργείου Οικονομικών και της πιστής εκτέλεσης του κοινωφελούς σκοπού, όπως ορίζεται στη συστατική πράξη τους.
• Η εκτέλεση του σκοπού και η διαχείριση περιουσιών που υπάγονται στην άμεση διαχείριση του Υπουργείου Οικονομικών.
• Η κατάρτιση προϋπολογισμού εσόδων και δαπανών των κληροδοτημάτων που υπάγονται στην άμεση διαχείριση του Υπουργείου Οικονομικών και αποστολή των σχετικών στοιχείων στη Διεύθυνση Προϋπολογισμού Γενικής Κυβέρνησης.
• Ο διορισμός, η εποπτεία και ο έλεγχος των ιδρυμάτων και η επιβολή ενδεχόμενων πειθαρχικών κυρώσεων.
• Η εποπτεία Κοινωφελών Περιουσιών που έχουν τα περιουσιακά τους στοιχεία στην αλλοδαπή ή ο σκοπός τους εκτελείται στην αλλοδαπή.
•  Ο έλεγχος των προϋποθέσεων και η μέριμνα για την έκδοση π.δ. που αφορούν στην τροποποίηση των οργανισμών Κοινωφελών Ιδρυμάτων καθώς και στην διάλυση αυτών.
• Ο έλεγχος των προϋποθέσεων και η μέριμνα για την έκδοση Κοινών Υπουργικών Αποφάσεων για την υπαγωγή Κοινωφελών Περιουσιών στην άμεση διαχείριση του Υπουργείου Οικονομικών.
•  Η έκδοση εφαρμοστικών αποφάσεων που προβλέπονται από το νόμο που διέπει τις Κοινωφελείς Περιουσίες (ν.4182/2013, Α΄185).
•  Η τήρηση φυσικού αρχείου και η συστηματική ενημέρωση του εκάστοτε ισχύοντος Ψηφιακού Μητρώου, για φακέλους/υποθέσεις αρμοδιότητας του Τμήματος πλην των ρητά αναφερόμενων στις αρμοδιότητες του Γραφείου Μητρώου – Γραμματείας καθώς και η διασφάλιση της ορθότητας και της πληρότητας των δεδομένων αυτών.
•  Η καταγραφή των ακινήτων της άμεσης διαχείρισης του Υπουργού Οικονομικών στα πλαίσια κατάρτισης του Εθνικού Κτηματολογίου καθώς και ως προς την διερεύνηση εναλλακτικών τρόπων αξιοποίησής τους.