Οι επιχειρησιακοί στόχοι της Διεύθυνσης Σχεδιασμού Μεθοδολογίας και Επιβολής Κυρώσεων είναι οι ακόλουθοι:

• Ο στρατηγικός σχεδιασμός των ελέγχων που διενεργούν οι υπηρεσίες της Γενικής Διεύθυνσης Δημοσιονομικών Ελέγχων (Γ.Δ.Δ.Ε.).
• Η ανάπτυξη μεθοδολογικών εργαλείων για τη διενέργεια των ελέγχων που εμπίπτουν στην αρμοδιότητα της Γ.Δ.Δ.Ε. και η αποτίμηση των αποτελεσμάτων τους.
• Ο σχεδιασμός των ανωτέρω ελέγχων μέσω της δημιουργίας μεθοδολογιών, προτύπων και εργαλείων ελεγκτικών εργασιών καθώς και κατάλληλων πληροφορικών συστημάτων.
• Η επιβολή κυρώσεων μετά την οριστικοποίηση των εκθέσεων ελέγχου από την Επιτροπή Συντονισμού Ελέγχων (Ε.Σ.ΕΛ.).
• Η διαμόρφωση γνώμης αναφορικά με την ικανότητα των φορέων να επιτύχουν ορθή δημοσιονομική διαχείριση των εθνικών πόρων μέσω της αξιολόγησης των αποτελεσμάτων των ελέγχων της Ε.Σ.ΕΛ. του άρθρου 10 του ν.3492/2006. 
• Ο συντονισμός και η συστηματική συνεργασία με τους αρμόδιους φορείς για όλα τα ανωτέρω θέματα.

Η Διεύθυνση Σχεδιασμού Μεθοδολογίας και Επιβολής Κυρώσεων διαρθρώνεται σε δύο (2) Τμήματα, ως κατωτέρω: 

• Τμήμα Α΄- Σχεδιασμού Ελέγχων και Επιβολής Κυρώσεων
• Τμήμα Β΄-Στρατηγικής, Μεθοδολογίας & Σύνταξης Ελεγκτικών Προτύπων