Η Ενιαία Αρχή Πληρωμής αποτελεί οργανική μονάδα επιπέδου Διεύθυνσης.

Οι επιχειρησιακοί στόχοι της Ενιαίας Αρχής Πληρωμής (Ε.Α.Π.) είναι οι ακόλουθοι:

• Η διενέργεια της πληρωμής των πάσης φύσεως αμοιβών του προσωπικού του Δημόσιου Τομέα κεντρικά, από έναν ενιαίο φορέα.
• Η διασφάλιση της ορθής διενέργειας πληρωμών των αμοιβών για όλο το προσωπικό του Δημόσιου Τομέα, μέσω της αξιοποίησης και διασταύρωσης των δεδομένων του Μητρώου Μισθοδοτούμενων Ελληνικού Δημοσίου και του αντίστοιχου Μητρώου Ολοκληρωμένου Πληροφοριακού Συστήματος TAXIS.
• Η διαχείριση και αξιοποίηση στοιχείων μισθοδοσίας - πρόσθετων αμοιβών για την υποστήριξη της δημοσιονομικής και μισθολογικής πολιτικής.
• Η παροχή οδηγιών και ο συντονισμός των υπόχρεων φορέων για την έγκαιρη και έγκυρη εκτέλεση των διαδικασιών που άπτονται των πληρωμών που πραγματοποιεί.

Η Ενιαία Αρχή Πληρωμής διαρθρώνεται σε δύο (2) Τμήματα, ως κατωτέρω: 

• Τμήμα Α΄- Επεξεργασίας Στοιχείων Πληρωμής και Συντονισμού 
• Τμήμα Β΄- Διασταυρώσεων και Παροχής Στοιχείων