Οι επιχειρησιακοί στόχοι της Διεύθυνσης Λογιστικής Γενικής Κυβέρνησης είναι οι ακόλουθοι:

• Η διαχείριση λογιστικού συστήματος και η κατάρτιση χρηματοοικονομικών αναφορών για την Κεντρική Διοίκηση.
• H διαχείριση του Ενιαίου Λογιστικού Σχεδίου και ο καθορισμός ενιαίων λογιστικών προτύπων για τη Γενική Κυβέρνηση.
• Η κατάρτιση ενοποιημένων χρηματοοικονομικών καταστάσεων σύμφωνα με το Λογιστικό πλαίσιο Γενικής Κυβέρνησης.

Η Διεύθυνση Λογιστικής Γενικής Κυβέρνησης διαρθρώνεται σε τέσσερα (4) Τμήματα, ως κατωτέρω:

• Τμήμα Α'- Απολογισμού – Ισολογισμού Κεντρικής Διοίκησης.
• Τμήμα Β'- Υπολόγου Συμψηφισμών.
• Τμήμα Γ'- Λογιστικού Πλαισίου Γενικής Κυβέρνησης.
• Τμήμα Δ’- Ενοποιημένων Χρηματοοικονομικών καταστάσεων.