Οι επιχειρησιακοί στόχοι της Διεύθυνσης Λογιστικής Γενικής Κυβέρνησης είναι οι ακόλουθοι:

• Η διαχείριση λογιστικού συστήματος και η κατάρτιση χρηματοοικονομικών αναφορών για την Κεντρική Διοίκηση.
• H διαχείριση του Ενιαίου Λογιστικού Σχεδίου και ο καθορισμός ενιαίων λογιστικών προτύπων για τη Γενική Κυβέρνηση.

Η Διεύθυνση Λογιστικής Γενικής Κυβέρνησης διαρθρώνεται σε τρία (3) Τμήματα, ως κατωτέρω:

• Τμήμα Α'- Απολογισμού – Ισολογισμού Κεντρικής Διοίκησης
• Τμήμα Β'- Υπολόγου Συμψηφισμών
• Τμήμα Γ'- Λογιστικού Σχεδίου Γενικής Κυβέρνησης