Οι επιχειρησιακοί στόχοι της Διεύθυνσης Προϋπολογισμού Γενικής Κυβέρνησης είναι οι ακόλουθοι:

• Η ρεαλιστική κατάρτιση και ορθή υλοποίηση του Προϋπολογισμού Γενικής Κυβέρνησης και η έγκαιρη δημοσίευση των αναγκαίων στοιχείων.
• Η αποτελεσματική εξειδίκευση παραμέτρων δημοσιονομικής προσαρμογής και η υποστήριξη της εφαρμογής τους.
• Η συστηματική παρακολούθηση της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης των φορέων της Γενικής Κυβέρνησης. 
• Η αποτελεσματική και έγκαιρη υποστήριξη της διαδικασίας παρακολούθησης και αποπληρωμής ληξιπρόθεσμων υποχρεώσεων του Δημοσίου προς τρίτους, με σκοπό την τόνωση της ρευστότητας της πραγματικής οικονομίας.

Η Διεύθυνση Προϋπολογισμού Γενικής Κυβέρνησης διαρθρώνεται σε μία (1) Υποδιεύθυνση και εννέα (9) Τμήματα, ως κατωτέρω: 

(α) Τμήματα υπαγόμενα απευθείας στον Προϊστάμενο της Διεύθυνσης:

• Τμήμα Α΄- Στοιχείων
• Τμήμα Β΄- Προϋπολογισμού Εσόδων
• Τμήμα Γ΄- Προϋπολογισμού Δημοσίων Επενδύσεων
• Τμήμα Δ΄- Σχεδιασμού και Υποστήριξης 

(β) Υποδιεύθυνση 

• Τμήμα Ε΄- Προϋπολογισμού
• Τμήμα ΣΤ΄ - Προϋπολογισμού
• Τμήμα Ζ΄ - Προϋπολογισμού
• Τμήμα Η΄ - Προϋπολογισμού
• Τμήμα Θ΄- Δ.Ε.Κ.Ο., Ν.Π.Ι.Δ. και Λοιπών Φορέων της  Γενικής Κυβέρνησης